（一）办公室

负责局机关综合协调、文秘、会务、信息、督办、议（提）案办理、档案、机要、保密、信访、接待、社会治安综合治理、维稳等工作；承担绩效管理、目标管理、政务公开、新闻发布等工作；负责局机关行政后勤管理工作；指导交通运输行业精神文明建设和新闻宣传工作。

（二）政策法规股（行政审批股）

组织开展重大政策研究，指导交通运输行业体制改革工作；承担推进依法行政工作的组织协调和督促指导；承担行政执法监督、行政复议、行政应诉、有关法律事务和规范性文件审核备案工作；承办有关行政审批事项。负责局机关和直属单位的机构编制和人事管理、劳动工资等工作；指导交通运输行业人才队伍建设、智力引进、专业技术等级的评审考核、劳动保护及职业病防治工作；负责局机关和直属单位离退休人员的服务管理工作。承担交通运输行业有关标准、计量工作，指导交通运输行业信息化建设工作；指导交通运输行业学会、协会管理工作。

（三）计划财务股

组织拟订交通运输行业财务会计管理制度和审计工作制度并监督实施，负责局机关财务管理和政府采购管理工作；指导和监督交通运输行业会计核算、财务管理工作；承担交通专项资金筹集、监督、管理和外汇、信贷及利用外资有关的财务管理工作；监督管理局机关和直属单位国有资产；承担交通规费的行业管理工作；指导交通运输行业审计工作。

（四）规划建设管理股

组织编制综合运输体系规划，研究拟订公路和水路行业发展战略、投融资政策；组织拟订公路、水路行业发展规划、中长期规划、年度计划并监督实施；参与拟订物流业发展战略和规划；承担公路、水路重点建设项目的前期工作和后期评价工作，承担地方交通建设项目的可行性研究、审核编报工作；承担公路和水路行业统计及预测工作，承担交通扶贫管理工作；指导交通运输行业环境保护工作，；指导交通运输行业招商引资和对外经济技术合作工作。组织拟订交通运输行业工程建设政策、制度和技术标准；监督管理公路、水路建设项目实施，维护公路、水路建设市场秩序；承担公路、水路建设从业单位和从业人员的信用评价、资质管理工作；承担重点公路、水路建设工程项目设计文件审核、施工许可审核和竣（交）工验收；负责对交通建设工程项目招标投标活动的监督执法；监督公路、水路建设工程进度、工程质量、工程造价；指导农村公路建设管理工作；指导公路、水路基础设施维护和管理工作。

（五）运输管理和安全监督股

参与拟订综合运输发展规划；承担综合运输体系建设有关协调工作；组织拟订公路、水路运输行业发展政策、发展规划、中长期计划及有关标准规范并监督实施；指导公路、水路运输市场监督管理和公路、水路客货运输及站场、车辆维修、汽车租赁、驾驶员培训等行业管理；组织协调重点运输、紧急客货运输和公路、水路联合运输，承担公路、水路运输业经济运行分析，参与运输价格管理；按规定承担物流市场有关管理工作。组织协调地方交通战备工作；指导交通运输行业节能减排工作。组织拟订公共客运服务质量监督管理工作。组织拟订公路、水路安全生产政策和综合性安全生产、应急管理的相关制度并监督实施；负责保障、协调重点运输、紧急客货运输安全；按规定负责交通运输应急管理工作；依法监督营运性道路运输源头、公路建设及养护、水上交通及交通企事业单位的安全管理；组织交通行业特重大安全生产事故应急救援工作和事故调查处理工作。